Mikrobiyom ve Biyoinformatik

Beşinci Biyoinformatik Forumu’nu, 18 Aralık 2020’de “Mikrobiyom ve Biyoinformatik” başlığıyla, COVID-19 süreci nedeniyle dijital ortamda, 300’ün üzerinde katılımcıyla gerçekleştirdik.

Bir insan vücudunda sayıları 40 trilyona varan yaklaşık 1000 farklı bakteri türü yaşamaktadır. İnsan mikrobiyotası olarak adlandırılan bu bakteriler bütününün genomik karakterizasyonuna odaklanan mikrobiyom alanı, 2013’te İnsan Mikrobiyom Projesi’nin tamamlanmasıyla insan sağlığının araştırılmasında önemli bileşenlerden biri haline gelmiştir. Özellikle insan bağırsak mikrobiyotasına odaklanan çalışmalarda, alınan gayta örneklerinin yeni nesil dizileme teknikleriyle dizilenmesi ve biyoinformatik araçlarla işlenmesi sonucunda bağırsakta yer alan bakteri topluluğunda miktarı anlamlı derecede artan/azalan türler belirlenebilmektedir. Bu türlerin klinik açıdan önemi, hastalıklar açısından biyobelirteç adayı olma potansiyelleridir. Biyoinformatik Forumu – 2020’de mikrobiyom alanında dünyada ve Türkiye’de gelinen noktayı ve gelecek beklentilerini konuştuk.

GTÜ Biyomühendislik bölümü öğretim üyesi ve PhiTech Bioinformatics ArGe sorumlusu Doç. Dr. Tunahan Çakır, “Mikrobiyom ve Biyoinformatik” başlığı altındaki konuşmasıyla, bütün alanı tarayan önemli genel bilgiler verdi. İlk olarak insan mikrobiyotasının önemine ve insanlar arasında gösterdiği değişkenliğe dikkat çeken Dr. Çakır, konuşmasında özel olarak tanıda mikrobiyom çalışmalarına odaklandı. Mikrobiyom analizinin çeşitli hastalıklarda tanı amaçlı kullanılmasına odaklanan, dünyada sayıları gittikçe artan şirketlerin son zamanlarda aldıkları yatırımların büyüklüğü ve bu şirketlerin klinik faz aşamasında olan çalışmalarının çeşitliliği, Dr. Çakır’ın vurgu yaptığı konular arasındaydı.

PhiTech yöneticisi Dr. Saliha Durmuş moderatörlüğünde gerçekleştirilen söyleşide, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı Öğretim Üyesi Prof. Dr. Meltem Yalınay, bu alandaki önemli tecrübesiyle, kişinin mikrobiyomla ilgili tüm süreçlerinin hekim gözetiminde yürütülmesinin önemine özellikle değindi. Mikrobiyom testlerinin klinikte rutin bir uygulamaya dönüşmesi için atılması gereken adımların (i) standardizasyonun sağlanması, (ii) cins düzeyinde değil tür düzeyinde sonuçların raporlanabilmesi ve (iii) belirlenen türlerin biyobelirleyici rollerinin hekim kontrolünde değerlendirilmesi olduğunu söyleyen Prof. Dr. Yalınay, mikrobiyom testleri sayesinde hastalık süreci henüz başlamadan koruyucu müdahale yapılmasının mümkün olabileceğinden bahsetti. Dolayısıyla, mikrobiyomun kişiselleştirilmiş tıp uygulamalarında önemli bir rol oynayacağını ifade etti.

Etkinliğin son konuşmasında, Dr. Numan Oezguen “Mikrobiyoma Yeni Bakış ve Enterotip Sınıflandırma” başlığı ile yer aldı. Mikrobiyom alanında önemli araştırmalara imza atan Baylor College of Medicine’de araştırmalarını sürdüren Dr. Oezguen’in konuşmasının ana konusu, mikrobiyom analizi sonucunda elde edilen tür miktarlarının kontrol ve hastalık örnekleri arasında karşılaştırmasını yaparken her enterotipin kendi içerisinde karşılaştırılmasının önemiydi. Mikrobiyom tabanlı klinik denemelerde sıkça gözlemlenen tekrarlanabilirlik sorununun kaynağının enterotip sınıflandırması ihmal edilerek karşılaştırma yapılmasının olduğunu belirten Dr. Oezguen, enterotip oluşumunda coğrafi bölgelerin ve beslenme alışkanlıklarının oynadığı rolden bahsetti.

ReDis Innovation kurucusu Selin Arslanhan’ın moderatörlüğünde gerçekleşen “Mikrobiyomda Yeni Nesil Dizileme” başlıklı panelde ise Prof. Dr. Uğur Sezerman (Acıbadem Üniversitesi & Epigenetiks), Prof. Dr. Süleyman Yıldırım (Medipol Üniversitesi), Doç. Dr. Sercan Karav (Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi) ve Dr. Özkan Ufuk Nalbantoğlu (Erciyes Üniversitesi & ENBIOSIS) konuşmacı olarak yer aldı. Panel süresince, yeni nesil dizilemenin ve biyoinformatik analizlerin mikrobiyom çalışmalarındaki yeri ve önemi, kişiye özel tıp uygulamalarında mikrobiyota analizi ve mikrobiyom kaynaklı biyobelirteçlerin klinikte kullanımı için gereksinimler ayrıntılı olarak ele alındı.

Beşinci Biyoinformatik Forumu’ndaki konuşmaları ve paneli, şirketimizin YouTube kanalından izleyebilirsiniz. Biyoinformatik Forumu ismiyle 2016’da başlattığımız bu etkinlik dizisi ile, omik alanlarındaki hem araştırma hem de uygulama boyutundaki son gelişmeleri konuşmaya her yıl farklı bir konu başlığıyla devam edeceğiz.

Saliha Durmuş & Tunahan Çakır
PhiTech Bioinformatics