Kanserde Kişiye Özel Yaklaşımlar ve Biyoinformatik

Dördüncü Biyoinformatik Forumu, 3 Mayıs 2019 tarihinde “Kanserde Kişiye Özel Yaklaşımlar ve Biyoinformatik” konu başlığıyla bu yıl da Gebze Teknik Üniversitesi’nde gerçekleştirilmiştir.

Yeni nesil dizileme (Next Generation Sequencing (NGS)) teknolojisi ile son yıllarda, genom ölçekli veri üretiminin hızı artarak maliyeti önemli ölçüde düşmüştür. Bu gelişmeler, NGS verisinin rutin klinik uygulamalarda giderek artan ölçülerde yer almasına izin vermektedir. Bu doğrultuda, başarılı Kişiye Özel Tıp ve Önleyici Tıp gibi uygulamalar, ortaya çıkan dizi (DNA, RNA, vb.) verisinin doğru ve etkin biyoinformatik analizi ile mümkün olabilmektedir. Son yıllarda NGS teknolojisinin kullanımı ile kanserde kişiye özel tıp uygulamaları ve başarısı dünya çapında ciddi oranda artmaktadır. Biyoinformatik Forumu – 2019’da kanserde kişiye özel yaklaşımlar alanında dünyada ve Türkiye’de gelinen noktayı ve yakın geleceği konuştuk.

Etkinliğin açılış konuşması geçen yıl olduğu gibi, Gebze Teknik Üniversitesi rektörü Prof. Dr. Muhammed Hasan Aslan tarafından gerçekleştirildi. Sayın rektör gelenekselleşmeye başlayan etkinliğe ev sahipliği yapmaktan mutlu olduklarını belirterek, üniversite olarak biyoinformatik alanına verilen önemden bahsetti. GTÜ’de yürütülen “Biyoinformatik ve Sistem Biyolojisi” yüksek lisans ve doktora programlarımızın, bu iki alanı bir araya getiren Türkiye’deki ilk ve tek lisansüstü programlar olduğunu söyledi. Ayrıca üniversitedeki kanser ile ilgili çalışmalardan ve etkinliklerden de kısaca bahsederek konuşmasını tamamladı. Kendilerine, GTÜ olarak etkinliğimize vermiş oldukları destekten dolayı sonsuz teşekkürlerimizi iletiyoruz.

GTÜ Biyomühendislik bölümü öğretim üyesi ve PHI Tech Bioinformatics ArGe sorumlusu Doç. Dr. Tunahan Çakır, etkinliğin bu yılki konu başlığı, “Kanserde Kişiye Özel Yaklaşımlar ve Biyoinformatik” çerçevesindeki, konu hakkındaki genel bilgilendirici sunumuyla devamında gelecek konuşmalara iyi bir teknik altyapı oluşturdu. İlk olarak, dünya ve Türkiye ile ilgili kanser hasta sayısı ve ilişkili istatistikleri veren Dr. Çakır’ın sunumunun merkezini özel olarak, tıbbi uygulamalarda kanserde kişiye özel yaklaşımlara izin veren, genetik profilleme ve hedefli ilaç teknolojileri oluşturdu. Bu uygulamalarda biyoinformatiğin yerine de vurgu yapan Dr. Çakır, tümör DNA dizilemesindeki temel noktaları açıklayarak, ilgili NGS verisinin biyoinformatik analizinin adımlarını da özetledi.

İkinci konuşmada, Acıbadem Hastanesi, Onkoloji bölüm başkanı Prof. Dr. Özlem Er, ilgili alandaki geniş klinik tecrübesiyle, kanserde kişiye özel yaklaşımlar konusunu özellikle uygulama boyutuyla bizlere sundu. Tümör genomik profilleme sonuçlarının kliniğe yansımasının Türkiye’deki güncel durumunu aktardı. “Kanser yeni bir hastalık değil ama biz kodlarını yeni çözmeye başladık” ifadesiyle Prof. Er, konu ettiğimiz yeni teknolojilerin/uygulamaların, 2000 yılından sonra kanser kliniğinde çok önemli gelişmelerin kaydedilmesine izin verdiğini, gerçek örnekler üzerinden başarı hikayeleri ile çarpıcı bir şekilde gözler önüne serdi. Kanser hastalığının geçmişte olduğu gibi, sadece hangi organda olduğu değil, hangi genomik özellikleri gösterdiğinin de çok önemli olduğunu, genomik özelliklerin tanı ve tedaviyi şekillendirdiği bu “Precision Oncology” kavramının gelişimini 2000’li yılların başlarından itibaren gerçekleşen aşamaları ile açıkladı. Kanser tedavisinde önemli aşamalar kaydedilmesine imkân veren immünoterapi ve hedefli tedavilerin çalışma mekanizmalarını açıklayarak, bu kişiye özel yaklaşımların uygulanmasının gittikçe arttığını ifade etti.

Etkinliğin ilk yarısındaki son konuşma, ülkemizin bu alandaki önemli araştırma merkezlerinden olan İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi’nin (İBG) kurucu müdürü Prof. Dr. Mehmet Öztürk tarafından gerçekleştirildi. Prof. Öztürk, kanserde kişiye özel tıp yaklaşımlarını hem araştırma hem de uygulama boyutlarıyla değerlendirdiği konuşmasıyla, konu başlığımızın çerçevesini çok kapsamlı bir şekilde ele aldı. Prof. Öztürk, konuşmasının ana hatlarını 4P Tıbbı (Predictive, Preventive, Personalized, Participatory) ile klasik tıp yaklaşımını karşılaştırarak oluşturdu. Kanser tedavilerinin tarihsel sürecinin özetini aktardıktan sonra, 1997 yılında piyasaya çıkan ilk hedefli kanser ilacı ile başlayan kişiye özel kanser tedavi uygulamalarının Türkiye’deki güncel konumunu birçok açıdan değerlendirdi.

TÜSEB Kanser Enstitüsü başkanı Prof. Dr. Ahmet Özet, “Onkoloji Alanında Yeni Nesil Dizileme Teknolojisinin Yeri ve Önemi – Mevcut Durum ve Gelecek Öngörüleri” başlıklı konuşması ile önceki konuşmacılarla aynı çerçevedeki tamamlayıcı konuşmasıyla yer aldı. Kanserde Omiks yaklaşımı kapsamında Prof. Özet, DNA verisinin yanı sıra, RNA ve proteinler gibi diğer biyomoleküllerin de omik seviyede verilerinin, tümörün moleküler özelliklerini daha iyi ortaya koymak için çok değerli ek bilgiler sağladığını açıkladı. Böylelikle, artık kanserdeki yeni nesil kişiye özel uygulamalar, genetik değişikliklerin yanında epigenetik ve transkriptomik değişikliklerin de ölçülmesiyle, tümörün daha doğru moleküler karakterizyonuna ve dolayısıyla hastayı daha doğru/etkin tedaviye yönlendirmesine imkân tanımaktadır. Söz konusu yeni omik verilerin rutin klinik uygulamaya geçmesi yakın vadede tüm dünyada gerçekleşecek gibi gözükmektedir. Prof. Özet de gerçek hasta hikayelerinden tecrübe paylaşımı ile anlattıklarının klinik yansımalarını örneklendirmiştir.

Bu yılki yurtdışı misafirimiz, Zürih Üniversite Hastanesi (UniversitätsSpital Zürich) Genomik ve Biyoinformatik Sorumlusu Dr. Abdullah Kahraman, kendi kurumundaki ilgili tecrübelerini bizimle paylaştı. “Precision Oncology driven by Clinical Bioinformatics – Insights form Clinical Daily Routine” başlıklı konuşmasıyla, önceki konuşmalardaki ilgili çerçevenin biraz boş kalan Klinik Biyoinformatik tarafını doldurdu.

Etkinliğin son konuşmasını, Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji Genetik ve Biyomühendislik programı öğretim üyesi Dr. Ogün Adebali, konu ile ilgili bilim insanları ile kurmakta oldukları “Türkiye Biyoinformatik Birliği” hakkındaki kısa sunumuyla gerçekleştirdi.

Kapanış öncesinde moderatörlüğümde gerçekleşen, “Türkiye’de Kanserde Kişiye Özel Uygulamalar” başlıklı panel yer aldı. Panelistler, konuşmacılarımızdan Dr. Abdullah Kahraman, TÜSEB Kanser Enstitüsü araştırmacılarından Dr. Duygu Altınok Dindar ve Gen Era Diagnostics yöneticisi Alper İşeri, tüm gün konuşulanları kendi perspektiflerinden değerlendirdiler.  Sonrasında hep birlikte, dünyada ve Türkiye’deki güncel durumu ve özellikle ülkemiz için yakın vadede yapılması gerekenleri, dinleyiciler ile etkileşim içinde keyifli bir ortamda tartıştık.

Dördüncü yılında Biyoinformatik Forumu’na, bu sefer daha fazla farklı şehirden olmak üzere tüm Türkiye’deki üniversitelerden, araştırma enstitülerinden, hastanelerden, genetik tanı laboratuvarlarından ve ilgili çok sayıdaki biyoteknoloji şirketinden katılım olmuştur. Konuşmacılarımız, dinleyicilerimiz ve sponsorlarımıza, organizasyon ekibi adına çok teşekkür ediyorum. Biyoinformatik Forumu başlığı altında başlattığımız bu etkinlik dizisi ile Türkiye’deki farklı mecralardaki ilgili kişileri her yıl bir araya getirmeye devam ediyoruz.

Dr. Saliha Durmuş
PHI Tech Bioinformatics & Gebze Teknik Üniversitesi